A côté des plantes et des animaux, les champignons forment leur propre règne avec une grande variété d'espèces et de formes. Dans le monde entier, il existe environ 100'000 espèces décrites et un multiple d'espèces encore non décrites. En Suisse également, ils font partie des groupes les plus riches en espèces avec près de 9000 espèces connues. Les champignons sont présents dans pratiquement tous les habitats et sont essentiels au bon fonctionnement de l'écosystème. Ils jouent un rôle central, par exemple, en tant que décomposeurs de matière végétale pour le cycle du carbone et des nutriments, en tant que symbiotes mycorhiziens des plantes pour leur absorption plus efficace des nutriments et de l'eau, en tant qu'endophytes mutualistes des tissus végétaux internes (par exemple, pour écarter les pathogènes), en tant que base alimentaire pour divers mammifères, insectes et orchidées, en tant que responsables pour la formation des microhabitats comme les cavités des arbres, et comme parasites végétaux pour un écosystème sain et diversifié. Les champignons envahissants, appelés néomycètes, comme l'agent pathogène du flétrissement du frêne Hymenoscyphus fraxineus, sont capables de déstabiliser des écosystèmes entiers. Une situation similaire pourrait se produire si les champignons mycorhiziens des arbres venaient à décliner de façon sensible ou si les champignons décomposant le bois disparaissaient. Les champignons ont une utilisation directe pour l'homme dans le domaine culinaire et surtout aussi pour des raisons médicales. Les substances des champignons offrent un potentiel presque inépuisable pour le développement de nouveaux antibiotiques et antimycosiques (p. ex. l'antibiotique Plectasin de Pseudoplectania nigrella).
Comme les champignons ont généralement des besoins très spécifiques en matière d'habitat, ils peuvent être utilisés dans la conservation de la nature comme indicateurs importants des changements souhaitables ou indésirables dans un écosystème. Par exemple, les hygrocybes indiquent des prairies gérées de façon extensive, non perturbées depuis relativement longtemps. Certains champignons saproxyliques, de leurs côtés, sont des indicateurs des derniers stades du développement forestier. Malheureusement, tout le potentiel des champignons comme indicateurs n'est de loin pas exploité. En même temps, la diversité des habitats et des niches écologiques occupés par les champignons laisse penser que le réseau existant de réserves naturelles ne suffira probablement pas aux champignons.