SwissFungi fournit principalement des informations et des cartes de répartition sur les champignons du sol et les néomycètes associés aux plantes. Les interfaces importantes avec (i) les néomycètes pathogènes pour les animaux, (ii) les néomycètes présents exclusivement en agriculture sur les plantes cultivées et (iii) les néomycètes classés comme «organismes nuisibles particulièrement dangereux» sont énumérées ci-dessous:
Les néomycètes pathogènes pour les animaux tels que la cause de la peste cancéreuse Aphanomyces astaci (classe des Oomycètes, champignons fantaisie) sont de la compétence de l'Office fédéral de la sécurité alimentaire et des affaires vétérinaires (OFAV). Le BLV fournit des informations sur des maladies et des agents pathogènes individuels et gère la base de données publique InfoSM, dans laquelle diverses informations sur les maladies animales en Suisse peuvent être consultées.
Le Service phytosanitaire fédéral (SPF) est responsable des néomycètes, qui se rencontrent exclusivement en agriculture sur les plantes cultivées, ou néomycètes, qui sont classés comme «organismes nuisibles particulièrement dangereux» conformément à l'ordonnance sur la protection des végétaux (OPSV). Le SPF est gérée conjointement par l'Office fédéral de l'agriculture (OFAG) et l'Office fédéral de l'environnement (OFEV), Division Forêts.
Les néomycètes forestiers pathogènes qui affectent la santé des forêts sont également sous la responsabilité du SPF ou de la Protection de la forêt Suisse (WSS). La base de données de distribution de WSS est synchronisée à intervalles réguliers avec l'atlas de distribution SwissFungi.