Si les plantes (néophytes) et les animaux (néozoaires) exotiques sont bien étudiés, la situation des néomycètes en Suisse a longtemps été très peu connue, même si certaines espèces peuvent représenter un grand danger (p. ex. le dépérissement des pousses du frêne). Sur mandat de l'Office fédéral de l'environnement (OFEV), le WSL a rédigé en 2016 un rapport sur l'état actuel des connaissances sur les néomycètes en Suisse (en allemand).
Le rapport énumère un total de 283 néomycètes connus pour la Suisse, qui ont été compilés par la recherche documentaire, l'évaluation des herbiers fongiques, des inspections ciblées sur le terrain et des recherches génétiques. Parmi elles, 13 nouvelles découvertes pour la Suisse comme le pucciniale Coleosporium asterum (synonyme de C. solidaginis) sur des espèces de solidage.
Environ 51 % de tous les néomycètes enregistrés appartiennent au groupe des ascomycètes, 36 % aux basidiomycètes et le reste aux oomycètes (13 %) et aux chytridiomycètes (< 1 %). Parmi ceux-ci, le groupes des oïdiums (21 %) est le plus important, suivi des champignons à lamelles (12 %), des pucciniales et du mildiou (11,7 % chacun) et des ustilaginomycotina (6 %). Dans le mode de vie des néomycètes, 77 % de toutes les espèces sont des parasites (p. ex. oïdiums et pucciniales ), 19 % sont des saprophytes et 4 % sont des symbiotes. Environ 75% des parasites se trouvent uniquement sur des plantes ornementales et utiles importées. La plupart des découvertes de néomycètes proviennent du Plateau et du Tessin, à moins de 600 m d'altitude.
Les néomycètes ayant une base de données suffisante ont été divisés en quatre catégories en ce qui concerne leur potentiel de dommages pour l'environnement. 26 % de toutes les espèces ont été classées comme éphémères (espèces « temporaires» avec très peu de découvertes et peu de potentiel de dispersion), tandis que 63 % pourraient être considérées comme établies (espèces que l'on trouve régulièrement, mais qui ne présentent pas un grand potentiel de dommages). 5 % des néomycètes sont arrivés récemment en Suisse et ont le potentiel de se propager rapidement. 6 % de toutes les espèces ont été classées comme néomycètes envahissantes (avec un potentiel de dommages élevé). Nous savons encore très peu de choses sur de nombreux néomycètes et il y a un grand besoin de recherche pour mieux connaître leur potentiel de dommages et pour les empêcher à temps de se propager.