In Europa, anche la protezione dei funghi è molto diffusa ed è promossa attivamente dal Consiglio europeo per la conservazione dei funghi - ECCF, una commissione dell'Associazione micologica europea - EMA. 33 paesi hanno stilato una lista rossa dei funghi e non pochi hanno già raggiunto la seconda, terza o addirittura quarta revisione. Le liste rosse dei singoli paesi europei comprendono un totale di circa 5500 specie, di cui dal 10 al 20 per cento sono classificate in pericolo di estinzione. Alcuni paesi hanno anche redatto liste rosse regionali e piani d'azione per la protezione delle specie e degli habitat altamente minacciati (ad esempio Gran Bretagna, Finlandia, Norvegia, Svezia).
A livello globale, la Lista rossa delle specie minacciate dell'IUCN classifica 781 specie di funghi (compresi i licheni), di cui 318 classificate come minacciate o in pericolo e altre 65 come potenzialmente in pericolo. Di queste 383 specie, 2 specie di licheni e 64 specie di funghi sono presenti anche in Svizzera. Un elenco di queste 64 specie è disponibile qui. Le informazioni corrispondenti si trovano anche nell'atlante di distribuzione dei funghi di SwissFungi.