Pilze bilden neben Pflanzen und Tieren ein eigenes Reich mit einem riesigen Arten- und Formenreichtum. Weltweit gibt es etwa 100‘000 beschriebene Arten und ein Vielfaches an noch unbeschriebenen Arten. Auch in der Schweiz gehören sie mit über 9000 bekannten Arten zu den artenreichsten Gruppen überhaupt. Pilze kommen in praktisch allen Lebensräumen vor und sind für ein funktionierendes Ökosystemen essentiell. Eine zentrale Rolle spielen sie zum Beispiel als Zersetzer von Pflanzenmaterial für den Kohlen- und Nährstoffkreislauf, als Mykorrhiza-Symbionten von Pflanzen für deren effizientere Nährstoff- und Wasseraufnahme, als mutualistische Endophyten von inneren Pflanzengeweben (z.B. zur Abwehr von Pathogenen), als Nahrungsgrundlage für verschiedene Säugetiere, Insekten und Orchideen, als Verantwortliche für die Bildung von Mikrohabitaten wie etwa Baumhöhlen und als Pflanzenparasiten paradoxerweise für ein gesundes und diverses Ökosystem. Invasive Pilze, sogenannte Neomyceten, wie zum Beispiel der Eschenwelke-Erreger Hymenoscyphus fraxineus können hingegen ganze Ökosysteme empfindlich destabilisieren. Ähnliches könnte passieren, wenn die Mykorrhiza-Pilze der Bäume empfindlich dezimiert oder die holzabbauenden Pilze verschwinden würden. Einen direkten Nutzen für den Menschen haben die Pilze aus kulinarischen und vor allem auch aus medizinischen Gründen. Die Inhaltstoffe der Pilze bieten ein beinahe unerschöpfliches Potenzial für die Entwicklung neuer Antibiotika und Antimykotika (Bsp. Antibiotikum Plectasin des Gemeinen Schwarzborstlings).
Da Pilze in der Regel sehr spezifische Habitatansprüche stellen, können sie im Naturschutz als wichtige Indikatoren für erwünschte und unerwünschte Veränderungen in einem Ökosystem herbeigezogen werden. So zeigen zum Beispiel die Saftlinge extensiv bewirtschaftete, relativ lange ungestörte Magerwiesen an. Gewisse saproxylische Pilze hingegen gelten als Indikatoren für späte Stadien der Waldentwicklung. Leider wird das Potenzial der Pilze als Indikatoren bei Weitem nicht ausgeschöpft. Gleichzeitig deutet die Vielfalt an Lebensräumen und ökologischen Nischen, die Pilze besetzen, darauf hin, dass man mit dem bestehenden Netz an Naturschutzgebieten den Pilzen höchstwahrscheinlich nicht gerecht wird.