In der Schweiz setzt sich neben SwissFungi die «Kommission für die Erhaltung der Pilze – SKEP» des «Schweizerischen Verbandes für Pilzkunde - VSVP» für den Schutz der Pilze ein.
Konkret konzentriert sich der Pilzschutz in der Schweiz gegenwärtig auf Einschränkungen beim Pflücken von Pilzfruchtkörpern. Diverse Kantone kennen Sammelbeschränkungen (Schontage, Mengenbeschränkungen) für wildlebende Pilze. Pilzreservate mit einem generellen Pflückverbot existieren in Graubünden (z.B. in der Gemeinde Bonaduz). Zudem stehen zwölf Arten unter strengem, nationalen Schutz.
Für den Pilzschutz gibt es nationale und internationale rechtliche Grundlagen sowie verschiedene Vollzugshilfen des Bundesamtes für Umwelt (BAFU). Das Merkblatt Pilze fasst den aktuellen Stand der Diskussionen um den Stand des Pilzschutzes in der Schweiz zusammen. Zu ausgewählten Arten mit hoher Priorität für die Schweiz existieren Artenmerkblätter.